அகத்திய முனிவர் இத்தல இறைவனின் அருளை அறிந்து, இங்கு வந்து தவம் செய்தார். அவருக்கு இங்குள்ள வன்னி மரத்தின் அடியில் காட்சி கொடுத்த சிவபெருமான், உலகில் தோன்றியுள்ள நோய்களைத் தீர்க்கும் மருந்துகளைப் பற்றியும், அவற்றை உருவாக்கும் மூலிகைகளைப் பற்றியும், பல்வேறு மூலிகைகளின் தன்மைகள் பற்றியும் அகத்தியருக்கு உபதேசம் செய்தருளினார். எனவே தான் இத்தல ஈசன், 'மருந்தீசுவரர்' என்று அழைக்கப்படுகிறார். இந்த ஆலயமும் 'மருந்தீசுரம்' என்று பெயர் பெற்று விளங்குகிறது.
வசிஷ்ட முனிவர், தான் செய்யப்போகும் சிவபூஜைக்காக பசுவின் பாலை எதிர்பார்த்தார். இதை அறிந்த இந்திரன், தேவலோகத்தில் இருந்த காமதேனு பசுவை, கருடன் மூலமாக வசிஷ்ட முனிவரிடம் கொண்டு போய் சேர்த்தான். இதனால் மகிழ்ச்சியடைந்த வசிஷ்டர், தன்னுடைய சிவ பூஜையை தொடங்கினார். பூஜை நேரத்தில் காமதேனு, பால் சுரக்காமல் காலதாமதம் செய்தது. இதனால் கோபம் கொண்ட வசிஷ்டர், காமதேனுவை 'காட்டுப் பசுவாக போவாய்' என்று சாபமிட்டார். இதனால் மனம் வருந்திய காமதேனு, தனக்கான விமோசனத்தை கேட்டு, வசிஷ்டரை வேண்டியது. உடனே அவர், "பூலோகத்தில் வன்னி மரத்தின் அடியில் சுயம்புவாக இருக்கும் சிவனை தினமும் பால் சுரந்து வணங்கி வந்தால், உனக்கு விமோசனம் கிடைக்கும்" என்று கூறினார்.
இதையடுத்து இந்தத் திருத்தலத்திற்கு வந்த காமதேனு, சுயம்புவாக மண்ணில் புதைந்திருந்த சிவபெருமானுக்கு தினமும் பாலைச் சுரந்து வழிபாடு செய்து வந்தது. இதன் காரணமாக இத்தல இறைவனுக்கு 'பால்வண்ணநாதர்' என்ற பெயரும் உண்டு. இப்படி பல காலம் பால் சுரந்து வழிபட்டதன் பலனாக, காம தேனுவுக்கு சாப விமோசனம் கிடைத்து, அது தேவலோகம் சென்றடைந்தது. கொடூரமாக மக்களை தாக்கி கொள்ளையடித்து வந்த வால்மீகி, மனம் திருந்திட எண்ணம் கொண்டு, இத்தல இறைவனை வழிபட்டு வந்தார். அப்படி அவர் வந்தபோது, காமதேனு தன்னுடைய சாபம் நீங்குவதற்காக, பாலைச் சுரந்து இறைவனை வழிபட்டுக் கொண்டிருந்தது. வால்மீகி வந்ததைப் பார்த்த காமதேனு, பதற்றத்தில் அங்கும் இங்கும் ஓடியது. இதில் சுயம்புவாக இருந்த சிவலிங்கத்தின் மீது காமதேனுவின் காலடி பட்டது. அது தழும்பாக மாறியது. இன்றும் இத்தல இறைவனின் சிரசில் இந்தத் தழும்பை காண இயலும். தன்னை வணங்கி மனம் திருந்திய வால் மீகிக்கு, சிவபெருமான் வன்னி மரத்தடியில் காட்சி தந்தார். அவரது பெயரிலேயே இந்த திருத்தலம் விளங்குகிறது.
ஆலய பிரகாரத்தில் அகத்தியர், வால்மீகி ஆகியோருக்கு சிவபெருமான் காட்சி தந்த வன்னி மரம் உள்ளது. இந்த இடத்தில் பங்குனி மாதம் நடைபெறும் பிரம்மோற்சவத்தின் போது, அகத்தியருக்கு காட்சி தந்த நிகழ்வு நடத்தப்படும். இவ்வாலய இறைவனான மருந்தீசுவரர், மேற்கு நோக்கி வீற்றிருக்கிறார். அம்மன் `திரிபுரசுந்தரி' என்ற திருநாமத்துடன் தனிச் சன்னிதியில் தெற்கு நோக்கி அருள்பாலிக்கிறார். விநாயகர் மற்றும் முருகப்பெருமான் சன்னிதிகள் கிழக்கு நோக்கி அமைந்துள்ளன. இந்தக் கோவிலின் கிழக்கு கோபுர வாசல் முன்பாக தெப்பக்குளம் உள்ளது. கோவிலுக்குள் சிறிய தடாகமும், நந்தவனமும் அமைந்திருக்கிறது. ராஜகோபுரம் கிழக்கு பார்த்த நிலையில் உள்ளது. அதைத் தாண்டி உள்ளே சென்றால் முன் மண்டபம் இருக்கும். ஆலயத்தின் வெளிப்பிரகாரத்தில் மூன்று விநாயகர்கள், வேதாகம பாடசாலை, நூலகம், திருமுறை மண்டபம் உள்ளன. உள் பிரகாரத்தில் கஜலட்சுமி, வள்ளி-தெய்வானை உடனாய முருகப்பெருமான், நடராஜர், 108 சிவலிங்கங்கள், கால பைரவர், கேதாரீசுவரர், ராமநாதேசு வரர், சுந்தரேசுவரர், உண்ணாமுலையம்மை, ஜம்புகேசு வரர், 63 நாயன்மார்கள் உள்ளனர். மூலவரின் கருவறை கோஷ்டத்தில் விஷ்ணு, தட்சிணாமூர்த்தி, கணபதி, துர்க்கை, சண்டிகேசுவரர் அருள்கின்றனர். மேற்கு வாசல் வழியாக வருகையில் கொடிமரம், பலிபீடம், நந்தி ஆகியவை உள்ளன.
இந்த ஆலயத்தில் வருடம் முழுவதும் சமய சொற்பொழிவுகள் நடத்தப்படுகின்றன. நிறைய பசுக்களைக் கொண்ட ஒரு பசு மடமும் இங்கு இருக்கிறது. இத்தல இறைவனுக்கு பாலாபிஷேகம் செய்து வணங்கி, ஆலயத்தில் தரும் விபூதி பிரசாதத்தை வாங்கி சாப்பிட்டால், தீராத நோய்கள் நீங்கும், பாவம் விலகும். அகத்தியருக்கு சிவபெருமான் காட்சி தந்த வன்னி மரத்தை சுற்றி வந்து வணங்கினால் முக்தி கிடைக்கும் என்பது நம்பிக்கை. தங்களின் வேண்டுதல் நிறைவேறிய பக்தர்கள், இத்தல இறைவனுக்கும், அம்பாளுக்கும் புது வஸ்திரம் அணிவித்து வழிபடுகிறார்கள். மேற்கில் திரும்பிய ஈசன் அபயதீட்சிதர் என்ற சிவபக்தர், இத்தல இறைவனை வழிபடுவதற்காக வந்தார். அப்போது கடுமையான மழை பெய்து, வெள்ளம் பெருக்கெடுத்து ஓடியது. ஆலயத்தைச் சுற்றிலும் சூழ்ந்திருந்த வெள்ளத்தால் அவரால் நீரைக் கடந்து சுவாமியைக் காண ஆலயத்திற்குச் செல்ல முடியவில்லை. வெளியில் இருந்து பார்த்த போது, சிவபெருமானின் பின் பகுதிதான் தெரிந்ததாம். இதனால் வருத்தம் கொண்ட அந்த சிவபக்தர், 'உன் முகம் கண்டு தரிசனம் செய்ய அருள்புரிய மாட்டாயா?' என்று வேண்டினார். இதையடுத்து அந்த பக்தருக்காக, சிவபெருமான் மேற்கு நோக்கி திரும்பினாராம். பின்னர் அந்த நிலையிலேயே அருள்பாலிக்கத் தொடங்கி விட்டார். சென்னை பாரீஸ் பஸ் நிலையத்தில் இருந்து, 14 கிலோமீட்டர் தூரத்தில் உள்ள திருவான்மியூருக்கு ஏராளமான பஸ் வசதிகள் உள்ளன. பறக்கும் ரெயில் வழித்தடத்தில் மின்சார ரெயில் மூலமும் திருவான்மியூரை அடையலாம்.